Nuestros amigos de foxnomad nos recomiendan esta aplicación para proteger los datos de tus carpetas y discos duros. Lee el artículo completo aquí. (el articulo esta en ingles pero el site tiene una herramienta de traducción la cual hace un trabajo muy decente)

Truecrypt es una herramienta de encripccion de datos, la cual protege tu información almacenada ya sea en archivos o discos enteros. Esta aplicación crea un disco virtual protegido el cual puede pasar como un disco real y le da una encripcion “on the fly” o en tiempo real. También da soporte de protección a particiones de discos o a discos completos. Esta

Truecrypt utiliza los siguientes algoritmos para proteger tus datos: AES-256, Serpent, y Twofish, y trabaja con los sistemas operativos Windows Vista/ XP, Os X y Linux

Su interface es muy intuitiva y fácil de seguir. No necesitas ser un experto en la materia para proteger tu información.

Baja truecrypt de aquí.